Rozbudowa muzeum składa się z dwóch części. Pierwsza obejmuje remont i przebudowę wraz ze zmianą sposobu niewykorzystywanego użytkowania strychu, który również ma pełnić funkcję wystawienniczej istniejącego budynku zabytkowego. Te prace już się rozpoczęły. Zgodnie z projektem zakłada się zachowanie możliwie największej ilości oryginalnej substancji zabytkowej, z uwzględnieniem niezbędnych prac konstrukcyjnych pozwalających na bezpieczne użytkowanie obiektu (m.in. renowację i wzmocnienie tynków, ścian, naprawy ubytków, malowanie). Renowacja istniejącego budynku przewiduje zachowanie pierwotnego układu architektonicznego z niezbędnymi pracami umożliwiającymi następnie  jego rozbudowę oraz  odtworzenie elementów wystroju według zachowanych fragmentów i detali. Drugi etap rozpocznie się po remoncie i będzie obejmować rozbudowę i przebudowę gmachu. W ramach zleconych prac powstanie między innymi nowa część obiektu od strony wschodniej.
- Budynek Muzeum Okręgowego w tym roku skończy 400 lat – mówi prezydent Bydgoszczy, Rafał Bruski. – To jeden z cenniejszych zabytków, który przez wieki służył miastu. Jestem dumny, ze dzięki zaplanowanej inwestycji po 10-letniej przerwie udostępnimy jego wnętrza mieszkańcom i  turystom. Wpisuje się to w pakiet naszych działań związanych z rewitalizacją Salonu Bydgoszczy. Przed nami też dalsze prace w Młynie Rothera i nad rewitalizacją gmachu Teatru Kameralnego.
W przetargu  na prace budowlane najkorzystniejsza ofertę przedstawiła firma  Kontbud. Była ona najlepsza nie tylko pod kątem ceny (22,6 mln zł). Spółka  zaproponowała także najdłuższy – 10-letni okres  gwarancyjny i mogła wykazać się największym doświadczeniem w tego typu pracach. Na inwestycję udało się pozyskać wysokie dofinansowanie europejskie na poziomie 14,5 mln zł.
Rozbudowa i konserwatorski remont muzeum umożliwi poszerzenie oferty kulturalnej, podniesienie standardu świadczonych usług przy jednoczesnym zwiększeniu dostępności do muzeum. Dzięki pracom obecny budynek poprawi estetykę ulicy Gdańskiej. Inwestycja  była   konieczna z uwagi na zły stan techniczny oraz brak miejsca na ekspozycje zbiorów sztuki, strefę wejściową, zbiory biblioteczne i czytelnię, pracownie konserwatorskie, sale konferencyjne, sale do działań edukacyjnych itp.

Obiekt w trakcie prac zostanie dostosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych (podjazd w dobudowanej części, winda osobowa i towarowa, sanitariaty i inne rozwiązania instalacyjne). Warto dodać, że ostateczny kształt projektu opiniowali pozytywnie m.in. konserwator zabytków, architekt miasta, miejski plastyk oraz społeczna rada ds. estetyki. Rozbudowa umożliwi zainteresowanie większej liczby bydgoszczan jego ofertą poprzez organizację cyklicznych imprez kulturalnych. Poprawią się warunki funkcjonowania pracowni konserwacji zbiorów, m.in. poprzez profesjonalne wyposażenie. Zakończenie wszystkich prac budowlanych planowane jest w przyszłym roku.  

Warto wiedzieć
Budynek powstał w 1618 roku. Początkowo był siedzibą klasztoru Sióstr Klarysek. Był połączony wówczas z kościołem za pomocą łącznika. Od 1835 budynek przejęło miasto. Początkowo miał pełnić funkcję szkoły, ale ostatecznie urządzono w nim szpital. Budynek istotnie przebudowano w 1878 roku, kiedy dobudowano dodatkowe skrzydło. Od 1946 roku w budynku mieści się siedziba Muzeum Okręgowego im. Leona Wyczółkowskiego. Budynek wyłączono z użytkowania ze względu na zły stan techniczny w 2009 roku. Obecny wystrój architektoniczny elewacji pochodzi z 1878 roku, kiedy to budynek przeszedł gruntowną przebudowę, ma on niewiele wspólnego z wystrojem wcześniejszym z czasu sióstr Klarysek. Nie zachowały się oryginalne tynki, ani powłoki malarskie na elewacji. Z badań wynika że zostały całkowicie wymienione. Przekształceniom uległy także wnętrza. Z pierwotnego budynku klasztornego z początku XVII zachowały się częściowo w niezmienionej formie przykryte sklepieniem kolebkowym piwnice.