Świątynię zaprojektował uznany wielkopolski architekt Stanisław Cybichowski. Jest on również autorem projektów gruntownego remontu kilku innych bydgoskich kościołów m.in: Katedry,  Klarysek i Pobernardyńskiego. Budowa kościoła na Czyżkówku rozpoczęła się w 1936 roku. W roku 1939 zaczęto wykonywać strop i wiązania dachowe, ale wojna przerwała prace. W czasie okupacji w gmachu funkcjonował magazyn narzędzi budowlanych. Działania wojenne spowodowały uszkodzenia kościoła i wieży. Budowę konstrukcji ukończono w latach 40. XX wieku. Jednak prace wykończeniowe oraz upiększanie wnętrza kontynuowano w kolejnych dekadach.

Kościół jest trójnawowy, z półkoliście, od północy, zamkniętym prezbiterium. Elementem dominującym jest wysoka kwadratowa wieża, przykryta dachem namiotowym. W ścianach bocznych znajdują się liczne witraże. To bardzo dobry przykład architektury sakralnej okresu międzywojennego.

W ubiegłym roku wykonano pierwsze prace przy elewacji wieży i frontu kościoła. Na wieży umieszczono też zegar. Na frontowej ścianie prace będą kontynuowane i wyeksponowany zostanie ślad wojennych uszkodzeń.
Prace są prowadzone z wykorzystaniem dotacji na zabytki. Koszt tego etapu prac to około 650 tysięcy złotych. Prace wspierane są przez miasto oraz samorząd województwa. Kwota miejskiej dotacji to 40 tysięcy złotych. Parafia otrzymała też unijne środki z Regionalnego Programu Operacyjnego – ponad 187 tysięcy złotych.

Warto wiedzieć:

Do 15 lutego 2020 roku można składać wnioski do Miejskiego Konserwatora Zabytków w Bydgoszczy o przyznanie dotacji na prace konserwatorskie, restauratorskie lub roboty budowlane przy obiektach wpisanych do rejestru zabytków. Więcej informacji o dofinansowaniu prac przy zabytkach znajduje się w tekście "Dotacje na zabytki - czekamy na wnioski".