Główną misją działalności Kujawsko-Pomorskiego Centrum Edukacji Ekologicznej jest podnoszenie świadomości ekologicznej społeczeństwa i szeroko pojęta edukacja przyrodniczo-środowiskowa. Centrum w Myślęcinku jest także jednym z lepiej wyposażonych tego typu centrów w kraju. W salach i pracowniach istnieje możliwość prowadzenia obserwacji laboratoryjnych, sporządzenia notatek, opracowania wyników, pogłębienia wiadomości z zakresu tematyki proekologicznej. Znajduje się tam m. in. sala audiowizualna, pracownia mikroskopowa i laboratoryjna. Centrum jest także doskonałą bazą dla organizowania "zielonych szkół". Atutem jest bliskość lasu, stawów i łąk, na których utworzone zostały ścieżki dydaktyczne. Warto zaznaczyć, że Centrum Edukacji jest w całości przystosowane do potrzeb osób z niepełnosprawnościami. 

KPCEE zostało wielokrotnie docenione na różnych ogólnopolskich konkursach - zdobyło m. in. I miejsce w Ogólnopolskim Przeglądzie Wydawnictw Ekologicznych w Przysieku za publikację pt. „Botaniczna ścieżka dydaktyczna dla niewidomych” w roku 2002 roku, a także odznaczenie „Amicus Naturae” z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Toruniu (2008 r.).

Centrum otrzymało także statuetkę św. Franciszka z Asyżu za długoletnią działalność ekologiczną i współpracę z Nadleśnictwem Żołędowo i Certyfikat Promotor Ekologii 2010 w Narodowym Konkursie Ekologicznym „Przyjaźni Środowisku”.

Z okazji 25-lecia działalności podczas uroczystości (12 grudnia), Iwona Waszkiewicz, zastępczyni Prezydenta Bydgoszczy wręczyła na ręce opiekunów Centrum Medal Prezydenta za szerzenie i propagowanie wiedzy ekologicznej i przyrodniczej wśród dzieci i młodzieży.