Maciej Juhnke był absolwentem Akademii Bydgoskiej oraz Akademii Wychowania Fizycznego w Poznaniu i Gdańsku. W młodości uprawiał kajakarstwo. W 2004 roku rozpoczął pracę w Stowarzyszeniu Kajakowym CWZS Zawisza. Jego podopieczne osiągały wiele sukcesów na krajowych i międzynarodowych sukcesach. Medale olimpijski i mistrzostw świata i Europy zdobywały m.in. Helena Wiśniewska, czy Dominika Putto.
W 2023 r. został trenerem kadry Polski kajakarek U 23, będąc jednocześnie asystentem głównego trenera kadry Tomasza Kryka. Za swoją pracę wielokrotnie był nagradzany.
Maciej Juhnke zmarł w Portugalii, gdzie przebywał na zgrupowaniu z kadrą Polski.