Prace prowadzone są na zlecenie wojska. W obrębie Kościoła Garnizonowego powiększona ma zostać droga przeciwpożarowa, oraz powstać nowe miejsca postojowe. Obecnie wokół kościoła trwają prace archeologiczne. Zgodnie z przewidywaniami na terenie przykościelnym odkryto cmentarz.
- Na podstawie dotychczasowych prac, myślę, że cmentarz datować możemy na XVII wiek, może nawet początek XVIII wieku. Wiedzieliśmy po analizie dokumentów, że w tym miejscu może znajdować się cmentarz parafialny - mówi Tamara Zajączkowska z Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków, Delegatura w Bydgoszczy.

- W do tej pory odkrytych grobach znajdowane są szczątki kobiet, mężczyzn i dzieci. Równolegle z pracami archeologicznymi prowadzone będą prace antropologiczne, które polegać będą na zbadaniu odkrytych szczątków - dodaje.

Prace wokół Kościoła przy ul. Bernardyńskiej jeszcze potrwają i możliwe, że w ich trakcie odkrywane będą kolejne groby dawnych mieszkańców naszego miasta. Po zakończeniu prac podjęta zostanie decyzja co zrobić ze szczątkami. Możliwe, że znajdą się one w zbiorowej mogile.

Początki obecnego Kościoła Garnizonowego sięgają końca XV wieku i zakonu Bernardynów. Powstały klasztor mieścić się miał na miejscu obecnego kościoła. W 1545 roku miał on spłonąć, ale wkrótce został odbudowany. W trakcie zaboru pruskiego kościół przekazany został gminie ewangelickiej i przy okazji poważnie przebudowany. Po powrocie Bydgoszczy do Polski w 1920 r. stał się świątynią garnizonową.

Szereg prac archeologicznych w sąsiedztwie kościoła, ronda Bernardyńskiego i Zbożowego Rynku przeprowadzono w trakcie rozbudowy ul. Kujawskiej. Wiosną 2019 roku archeolodzy odkryli pozostałości nieistniejącego kościoła św. Idziego podczas prac ziemnych w rejonie nowej jezdni ul. Bernardyńskiej. Powstał on prawdopodobnie w połowie XIII wieku. Z kolei przed rozbiórką kamienicy przy Zbożowym Rynku 4 (2020 rok ), archeolodzy natrafili m.in. na pozostałości cmentarza. Funkcjonował on na tym obszarze prawdopodobnie w XVI i XVII wieku. Nekropolia znajdowała się w bliskim sąsiedztwie nieistniejącego już kościoła szpitalnego św. Stanisława. Znajdował się on w miejscu rozebranej wcześniej kamienicy z numerem 3. Obrys fundamentów dawnego kościoła i szpital  zaakcentowano na nowych chodnikach czerwoną cegłą. Z rozebranej kamienicy wydobyto również tonda, które pierwotnie zdobiły prawdopodobnie ścianę kościoła. W pasie zieleni na wysokości ul. Zbożowy Rynek 2, archeolodzy niespodziewanie natrafili natomiast na pochówki z czasów wczesnego średniowiecza (ok. X-XII wiek). Odnaleziono kilkanaście szkieletów z ozdobami.