Świątynię zaprojektował uznany wielkopolski architekt Stanisław Cybichowski. Jest on również autorem projektów gruntownego remontu kilku innych bydgoskich kościołów m.in: Katedry,  Klarysek i Pobernardyńskiego. Budowa kościoła na Czyżkówku rozpoczęła się w 1936 roku. W roku 1939 zaczęto wykonywać strop i wiązania dachowe, ale wojna przerwała prace. W czasie okupacji w gmachu funkcjonował magazyn narzędzi budowlanych. Działania wojenne spowodowały uszkodzenia kościoła i wieży. Budowę konstrukcji ukończono w latach 40. XX wieku. Jednak prace wykończeniowe oraz upiększanie wnętrza kontynuowano w kolejnych dekadach.

Kościół jest trójnawowy, z półkoliście, od północy, zamkniętym prezbiterium. Elementem dominującym jest wysoka kwadratowa wieża, przykryta dachem namiotowym. W ścianach bocznych znajdują się liczne witraże. To bardzo dobry przykład architektury sakralnej okresu międzywojennego.

Prace przy elewacjach rozpoczęły się przed dwoma laty. Na wieży umieszczono m.in. zegar. Parafia korzysta z miejskiej dotacji na zabytki . Część prac jest wspierana też środkami unijnymi z Regionalnego Programu Operacyjnego. W tym roku na kontynuowanie robót z puli konserwatorskiej zarezerwowano dofinansowanie na poziomie 100 tysięcy złotych.

Do II wojny światowej na Czyżkówku istniał jeszcze jeden kościół dla osób wyznania ewangelickiego. Wybudowano go w latach  1904-1908 przy ul. Koronowskiej 14. Kościół ten został mocno uszkodzony w czasie walk 3 września 1939. Po II wojnie światowej został zdewastowany, a następnie przebudowany na magazyn. W późniejszym okresie pełnił funkcję salki parafialnej, obecnie znajduje się tu przedszkole.

Warto wiedzieć

W tym roku miejskie dotacje na prace konserwatorskie trafią do  właścicieli 18 nieruchomości. Koszt prac konserwatorskich w wiekowych budynkach szacowany jest na poziomie 3,4 mln zł. Bydgoszcz znajduje się w gronie miast, które przeznaczają największą pulę środków (1,3 mln zł)  na wsparcie właścicieli zabytkowych obiektów.